โรงเรียนบ้านตะเภา ตั้งขึ้นเมื่อปีการศึกษา ๒๕๑๗โดยมี นายทองพูน ทั่วประโคน (นายอำเภอปรางค์กู่) นายบุญตา ชัยเรียบ (ศึกษาธิการอำเภอปรางค์กู่) นายสุวรรณ พรหมลา (หัวหน้าหมวดการศึกษา) นายอุด อุทุมพร (กำนันตำบลตูม) นายคูณ ผักไหม (ผู้ใหญ่บ้านตะเภา – บ้านตรอก) และผู้บริหารโรงเรียนในสังกัดกลุ่มตำบลตูม ได้ร่วมกันจัดตั้งขึ้นบนพื้นดินที่ประชาชนบ้านตะเภาและบ้านตรอกร่วมกันบริจาคเงินซื้อที่ดิน ซึ่งเป็นที่นาของนางไว จันทอง เนื้อที่ ๗ ไร่ ๓๕ ตารางวา ตามหลักฐาน นส. ๓ ก เลขที่ ๑๐๑ เล่มที่ ๔ หน้า ๑๑ ที่ดินดังกล่าวได้โอนเป็นของทางราชการเรียบร้อยแล้ว และขอขึ้นทะเบียนเป็นที่ราชพัสดุกับธนารักษ์พื้นที่จังหวัดศรีสะเกษ เลขที่ ศก.๑๐๔๕ ลำดับที่ ๑๘ เรียบร้อยแล้ว เงินบริจาคอีกส่วนหนึ่งได้นำมาจัดซื้อวัสดุอุปกรณ์ ก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราวได้ ๑ หลังเดิมที่นักเรียนโรงเรียนบ้านตะเภาและบ้านตรอก ต้องเดินไปเรียนที่โรงเรียนบ้านตูม เมื่อก่อสร้างอาคารเรียนชั่วคราวเสร็จเรียบร้อยแล้ว จึงได้เปิดทำการสอนครั้งแรกในปีการศึกษา ๒๕๑๗ มีข้าราชการครู ๒ คน มีนายสมศักดิ์ จันทร์ทอง รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ เปิดสอนนักเรียนชั้น ป.๑-ป.๔ มีนักเรียนทั้งสิ้น ๘๕ คน ตั้งแต่ พ.ศ. ๒๕๑๗ จนถึงปัจจุบัน

มีรายนามผู้บริหารโรงเรียนบ้านตะเภา ดังนี้
ที่ ชื่อ – สกุล ตำแหน่ง ระยะเวลาดำรงตำแหน่ง
๑. นายสมศักดิ์ จันทร์ทอง รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่ พ.ศ. ๒๕๑๗ – ๒๕๑๘
๒. นายเส็ง มุ่งหมาย ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๕๑๘ – ๒๕๑๙
๓. นายถิ่น แสงจันทร์ ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๕๑๙ – ๒๕๒๓
๔. นายชูศักดิ์ ไชยจางวาง ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๕๒๓ – ๒๕๒๙
๕. นายสมหมาย บัวจูม ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๕๓๐ – ๒๕๓๑
๖. นายศิริ อาจอินทร์ ครูใหญ่ พ.ศ. ๒๕๓๑ – ๒๕๓๗
๗. นายสมพงษ์ ทองมา อาจารย์ใหญ่ พ.ศ. ๒๕๓๗ – ๒๕๔๒
๘. นายณัฐพงศ์ สุริยา อาจารย์ใหญ่ พ.ศ. ๒๕๔๒ – ๒๕๕๕
๙. นางศุภากร สายหงษ์ ผู้อำนวยการสถานศึกษา พ.ศ. ๒๕๕๕ – ๒๕๕๘
๑๐. นางจรรยาลักษณ์ ทองมา รักษาการในตำแหน่ง ผู้อำนวยการฯ พ.ศ.๒๕๕๘ – ๒๕๕๙
๑๑. นางกิตการุณ แก้วคำสอน ผู้อำนวยการสถานศึกษา พ.ศ.๒๕๕๙- ๒๕๖๒
๑๒. นางสาวรัชนี  จันทร์แสน ผู้อำนวยการสถานศึกษา พ.ศ.๒๕๖๒ – ๒๕๖๔
๑๓. นายสุจินต์ สมบัติวงศ์ ผู้อำนวยการสถานศึกษา พ.ศ.๒๕๖๔ – ปัจจุบัน